Chromas使用说明

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Chromas应用程序可以用来查看和编辑 DNA 的峰形图 , 图谱文件一般为 SCF 格式 (*.scf),您一般所收到的email 和测序报告的磁盘中的图谱文件一般都是 SCF 格式的,此软件的主要使用方法如下:

打开 email 后,把附件中的所有文件保存到硬盘,先阅读使用说明,然后运行 Chromas 补丁文件,接着双击打开 Chromas 应用程序,图 1 为打开 Chromas 后的程序界面。

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1.      点击菜单栏上的“File”中的“Open”或点击工具栏上的“Open”按钮 , 打开文件。

如图  2,找到您存放email 结果的目录,选中一个图谱文件(在此以图谱 A 为例)。

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2.      打开了图谱文件以后,窗口内显示的是测序结果的峰形图.

如图3。由于测序仪器或其它一些原因测序结果会有一些误差。

双脱氧终止法测序是从引物 3′ 端之后 第一个碱基开始测序 . 没有测序的引物序列.

测序时,由于荧光染料的干扰,测序结果在引物 3′ 端后面的 1030个,严重时可能达到 70 个以上碱基不一定能够准确判读,需你根据自己的已知序列信息及测序彩图 作出 判断

如图在第一个位置处漏读了一个 A,在第五和第六个碱基中间, 测序仪漏读 了一个 A 碱基,第二个碱基测序仪把 CA两个碱基误读为一个 N 值等。由于染料单体的干扰和迁移率的原因,这些问题较多的发生在序列的起始的部分。这些机器造成的错误可以人为的把其校正修改过来。图 4 为修改后的序列图谱。

但并不是所有的 N 值都可以校正,在此以 PCR 样品的 B 序列图谱为例,如图 5,此序列在79bp 后许多地方有 N 值,由于样品突变的原因,该序列中明显包含两种模板,因此有两套峰,这些 N 值是不能正确校正的,只能将该样品进行克隆后进行测序。

由于测序胶体迁移率的原因,一般的样品在 500bp 后峰形会有所变差,这样只能根据峰形作适当的修改,随着往后的峰形越差,能辨别的程度也就越低,若要确切的知道后面的序列,建议根据 情况加测反应

要提醒的是,校正碱基一定要根据峰形 来作 适当的校正,一个峰对应一个碱基,不可盲目修改。

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3.      可以选取菜单栏上的“Edit”中的“Copy Sequence”下的命令来复制整个序列,“Plain Text”可把序列复制为纯文本形式,“FASTA Format”可把序列复制为 FASTA 格式,然后把内容粘贴到文本编辑器中,如记事本,如图6

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4.      可选取菜单栏上的“Edit”中的“Reverse Complement”来给序列做反向互补,如图7

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另外 , 还可以选取“File”中的“Export”或直接单击工具栏上的“Export”按钮来导出文件,导出文件时可以选三种不同的格式:“Line”、“Formatted Text”、“FASTA”。如图 8。导出后的文件SEQ 格式,即我们 email 给您的结果中的序列文件。

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正文完
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