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Chromas应用程序可以用来查看和编辑 DNA 的峰形图 , 图谱文件一般为 SCF 格式 (*.scf)，您一般所收到的email 和测序报告的磁盘中的图谱文件一般都是 SCF 格式的，此软件的主要使用方法如下：
打开 email 后，把附件中的所有文件保存到硬盘，先阅读使用说明，然后运行 Chromas 补丁文件，接着双击打开 Chromas 应用程序，图 1 为打开 Chromas 后的程序界面。
图1
1. 点击菜单栏上的“File”中的“Open”或点击工具栏上的“Open”按钮 , 打开文件。
如图 2，找到您存放email 结果的目录，选中一个图谱文件（在此以图谱 A 为例）。
图2
2. 打开了图谱文件以后，窗口内显示的是测序结果的峰形图.
如图3。由于测序仪器或其它一些原因测序结果会有一些误差。
双脱氧终止法测序是从引物 3′ 端之后 第一个碱基开始测序 . 没有测序的引物序列.
测序时，由于荧光染料的干扰，测序结果在引物 3′ 端后面的 10 至30个，严重时可能达到 70 个以上碱基不一定能够准确判读，需你根据自己的已知序列信息及测序彩图 作出 判断
如图在第一个位置处漏读了一个 A，在第五和第六个碱基中间， 测序仪漏读 了一个 A 碱基，第二个碱基测序仪把 C 和A两个碱基误读为一个 N 值等。由于染料单体的干扰和迁移率的原因，这些问题较多的发生在序列的起始的部分。这些机器造成的错误可以人为的把其校正修改过来。图 4 为修改后的序列图谱。
但并不是所有的 N 值都可以校正，在此以 PCR 样品的 B 序列图谱为例，如图 5，此序列在79bp 后许多地方有 N 值，由于样品突变的原因，该序列中明显包含两种模板，因此有两套峰，这些 N 值是不能正确校正的，只能将该样品进行克隆后进行测序。
由于测序胶体迁移率的原因，一般的样品在 500bp 后峰形会有所变差，这样只能根据峰形作适当的修改，随着往后的峰形越差，能辨别的程度也就越低，若要确切的知道后面的序列，建议根据 情况加测反应。
要提醒的是，校正碱基一定要根据峰形 来作 适当的校正，一个峰对应一个碱基，不可盲目修改。
图3
图4
图5
3. 可以选取菜单栏上的“Edit”中的“Copy Sequence”下的命令来复制整个序列，“Plain Text”可把序列复制为纯文本形式，“FASTA Format”可把序列复制为 FASTA 格式，然后把内容粘贴到文本编辑器中，如记事本，如图6。
图6
4. 可选取菜单栏上的“Edit”中的“Reverse Complement”来给序列做反向互补，如图7。
图7
另外 , 还可以选取“File”中的“Export”或直接单击工具栏上的“Export”按钮来导出文件，导出文件时可以选三种不同的格式：“Line”、“Formatted Text”、“FASTA”。如图 8。导出后的文件SEQ 格式，即我们 email 给您的结果中的序列文件。
图8
