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一个基因表达终极结果是产生相应的蛋白质（或酶）。因此检测蛋白质是测定基因表达的主要标志，检测蛋白质的方法很多，除 ELISA 法外，也可用与检测 DNA 和RNA相类似的吸印方法。前两法有 “ 南”和 “ 北”之意，故本法遂被延伸称为 Western（西）印迹法，该法能用SDS 聚丙烯酰胺凝胶电泳分辨出与专一抗血清结合的专一性蛋白质。将聚丙烯酰胺凝胶上分辨出的蛋白质转移到硝酸纤维素膜上并与第一抗体共孵。第一抗体专一地与待分离蛋自质的抗原决定簇结合，然后用另一种蛋自质，如 135I– 蛋白 A 或辣根过氧化物酶连接的山羊抗 IgG 检测已结合上去的抗体。本法所需时间 6 小时或过夜。
(一 ) 蛋白质的聚丙烯酰胺凝胶电泳
几乎所有蛋白质电泳分析都在聚丙烯酰胺凝胶上进行，而所用条件总要确保蛋白质解离成单个多肽亚基并尽可能减少其相互间的聚集。最常用的方法是将强阴离子去污剂 SDS 与某一还原剂并用，并通过加热使蛋白质解离后再加样于电泳凝胶上。变性的多肽与 SDS 结合并因此而带负电荷，由于多肽结合 SDS 的量几乎总是与多肽的分子量成正比而与其序列无关，因此 SDS 多肽复合物在聚丙烯酰凝胶电泳中的迁移只与多肽的大小相关。在达到饱和的状态下，每克多肽约可结合 1.4 克去污剂，借助已知分子量的标准参照物，则可测算出多肽链的分子量。
SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳大多在不连续缓冲系统中进行，其电泳槽缓冲液的 pH 值与离子强度不同于配胶缓冲液，当两电极间接通电流后，凝胶中形成移动界面，并带动加入凝胶的样品中所含的 SDS 多肽复合物向前推进。样品通过高度多孔性的积层胶后，复合物在分离胶表面聚集成一条很薄的区带（或称积层）。曲于不连续缓冲系统具有把样品中的复合物全部浓缩于极小体积的能力，故大大提高了 SDS 聚丙烯酰胺凝胶的分辨率。
最广泛使用的不连续缓冲系统最早是由 Ornsstein(1964) 和Davis(1964)设计的，样品和积层胶中含 Tris-Cl(pH6.8)，上下槽缓冲液含Tris– 甘氨酸 (pH8.3)，分离胶中含Tris-Cl(pH8.8) 的。系统中所有组分都含有 0.1% 的SDS(Laemmli,1970)，样品和积层胶中的氯离干形成移动界面的先导边界而甘氨酸分子则组成尾随边界，在移动界面的两边界之间是一电导较低而电位滴度较陡的区域，它推动样品中的多肽前移并在分离胶前沿积聚，此处 pH 值较高，有利于甘氨酸的离子化，所形成的甘氨酸离子穿过堆集的多肽并紧随氯离子之后，沿分离胶泳动。从移动界面中解脱后，SDS多肽复合物成一电位和 pH 值均匀的区带泳动穿过分离胶，并被筛分而依各自的大小得到分离。
【材料】
分离胶及积层胶溶液
水饱和异丁醇
1×Tris・Cl/SDS,pH8.8
蛋白质分子量标准混合物
1×SDS电泳缓冲液
电泳装置及夹子、玻璃板、灌胶支架、缓冲液槽等附件
0.75mm封边垫片
0.75mm样品梳子
50µl微量进样器
恒流电源
【常用试剂】
1）30%丙烯酰胺/0.8%
N,N’-亚甲丙烯酰胺
将 30 克丙烯酰胺和 0.8 克N,N’-亚甲丙烯酰胺溶于总体积为 60ml 的水中，加热至 37℃ 溶解之，补加水至终体积为 100ml。0.45µm 微孔滤膜过滤除菌，查证该溶液 pH 应不大于7.0，置棕色瓶中保存。
小心：丙烯酰胺具有很强的神经毒性并可通过皮肤吸收，其作用具有累积性。称量丙烯酰胺和 N,N’- 亚甲丙烯酰胺时应戴手套和面具。可认为聚丙烯酰胺无毒，但也应谨慎操作，因为它还可能含有少量未聚合材料。
2）4×Tris・Cl/SDS,pH8.8,
在 300mlH2O 中溶解 91g Tris 碱(1.5mol/L)，用 1mol/L 调节 pH 至8.8,补加 H2O 至体积 500ml。用0.45μm 滤膜过滤溶液，再加入 2g SDS[0.4%(w/v)]，于4℃ 可保存 1 月。
3）4×Tris・Cl/SDS,pH6.8,
在 40mlH2O 中溶解 6.05g Tris 碱(0.5mol/L)，用 1mol/L 调节 pH 至6.8,补加 H2O 至体积 100ml。用0.45μm 滤膜过滤溶液，再加入 0.4g SDS[0.4%(w/v)]，于4℃ 可保存 1 月。
4）4×SDS电泳缓冲液
Tris base 24.2 g
Glycerin 115.3 g
20%SDS 20 ml
加水至总体积1000ml。
应用时稀释 4 倍即为 1×SDS 电泳缓冲液(Tris 0.05M,Glycerin 0.38M,SDS 0.1%)。
5）TEMED (N,N,N’,N’-四甲基乙二胺)
TEMED通过催化过硫酸铵形成自由基而加速丙烯酰胺和 N,N’- 亚甲丙烯酰胺的聚合。
6）10%过硫酸铵
过硫酸铵提供驱动丙烯酰胺和亚甲丙烯酰胺聚合所必需的自由基。可用去离子水配制小量 10%(w/v) 的贮存液并保存于4℃。由于过硫酸铵会缓慢分解，故应隔周新鲜配制。
【步骤】
1）按厂商的使用指南用两块干净的玻璃，平板和 0.75mm 垫片组装电泳装置中的玻璃平板夹层，并固定在灌胶支架上。
2）按表 7.1 配制分离胶液体并脱气，然后加入 10% 的过硫酸铵和TEMED，轻轻搅拌混匀。
聚丙烯酰胺分离胶的配制
试剂成分 配制不同浓度分离胶所需试剂(ml)
5% 8% 10% 12% 15%
Acry:Bis (30:0.8) 2.50 4.00 5.00 6.00 7.50
4×Tris・Cl/SDS,pH8.8 3.75 3.75 3.75 3.75 3.75
H2O 8.75 7.25 6.25 5.25 3.75
10%过硫酸铵 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05
TEMED 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
按所需分离的蛋白质分子大小选择合适的丙烯酰胺百分比浓度，一般地，5%的凝胶可用于 60～200kDa 的SDS变性蛋白质分子的分离，10%用于 16～70kDa，15% 用于12～45kDa。
3）用一根巴斯德吸管立即将分离胶液体沿夹层中一条垫片的边缘加入于玻璃平板夹层中，至凝胶约 5cm 高为止。样品体积少于 10μl 不需灌制积层胶。
4）用另一根已斯德吸管，先从一边的垫片，再从另一边垫片往夹层的液面顶部缓缓加入一层水饱和异丁醇（厚约1cm）。让凝胶在室温聚合30min。
聚合后，可见在顶层异丁醇与凝胶的界面间有一清晰的折光线，胶的聚合失败往往问题在于过硫酸按或TEMED，或两者都有。
5)倾去顶层的异丁醇，并以 1×Tris-Cl/SDS,pH8.8 缓冲液冲洗凝胶的顶部表面 , 尽量用吸水纸吸干。
6)按表 7.2 配制积层胶液体，用吸管将液体沿一条垫片加入到玻璃平板夹层，直至夹层的顶部。
聚丙烯酰胺积层胶的配制
GEL%（3.9%） Total
(10.05ml)
Acry:Bis(30:0.8) 1.30 ml
4×Tris・Cl/SDS,pH6.8 2.50 ml
H2O 6.10 ml
10%过硫酸铵 0.05 ml
TEMED 0.01 ml
7)将 0.75mm 厚的梳子插入夹层的积层胶液体中，必要时，再补加积层胶液体充盈剩余空间。让积层胶室温聚合30min。
8)在具螺口盖的微量离心管中，用 2×SDS 加样缓冲液按 1:1(v/v) 稀释待测蛋白质样品，于 100℃ 煮沸 5-10min。如样品是蛋白质沉淀物，加入50～100µl 1×SDS 加样缓冲液溶解之，并同样在 100℃ 煮沸 5-10min。按供应商的使用指南用2×SDS 加样缓冲液溶解蛋白质分子量标准混合物。
