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GO 委员会工具
AmiGO [http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/go.cgi]
AmiGO 提供检索和浏览 GO 委员会提供的本体学 (ontology) 和注释 (annotation) 数据。用户可以通过检索蛋白获得相应的 GO 术语，可以检索 GO 术语得到相应的细节和相关的蛋白注释，AmiGO还提供了 BLAST 搜索引擎，比对有 GO 术语注释的基因和基因产物的序列。
OBO-Edit [https://sourceforge.net/project/ … up_id=36855&package_id=192411]
OBO-Edit 是一个开源的、与平台无关的应用程序，用于显示和编辑 OBO 格式的本体文件 .OBO-Edit 是基于图的工具，强调本体的全部图结构，给生物学家提供了一个友好的接口。OBO-Edit是个很好的工具，关注于相对简单的门类的相互关系 , 有助于本体学的快速更新。
非 GO 委员会工具
用于搜索和浏览 GO 的工具：显示、浏览和搜索相应的本体和注释
** CGAP GO Browser [http://cgap.nci.nih.gov/Genes/GOBrowser]
提供浏览 GO 词汇，可以找人和小鼠基因对应的 GO 术语 , 每隔几个月更新GO 的数据。
** COBrA [http://www.xspan.org/cobra/]
一个基于 Java 的本体编辑器，区别于其它编辑器在于其提供了两个本体间概念上的连接，以及提供了精细的分析和验证功能。除了支持 GO 和OBO格式之外，COBrA还能导入和导出本体为语义 web(Semantic Web) 格式如RDF、RDFS、OWL。
** Comparative Toxicogenomics Database [http://ctd.mdibl.org/]
CTD 是一个公用的数据库，加强了对环境中化学物质对人类健康的理解，整合了 GO 数据和 GO 浏览器。使得用户可以理解暴露在化学物质下相关靶标的生物功能、过程和细胞定位。
** DynGO [http://gauss.dbb.georgetown.edu/liblab/dyngo.html]
是一个客户端 – 服务器模式的应用程序，提供了许多高级的功能，除了标准的浏览功能外，DynGO允许用户批量地检索一系列基因和基因产物的 GO 注释，以及语义检索一系列基因和基因产物所共有的相似 GO 注释，结果根据 GO 的等级显示为树状结构，支持许多动态显示的选项如对树节点排序或改变树的方向。对于 GO 管理者和经常使用 GO 的用户，DynGO提供了快速和方便的访问 GO 注释数据。DynGO广泛地应用到有 GO 术语注释的任意数据集。
** EP GO Browser [http://ep.ebi.ac.uk/EP/GO/]
EP GO Browser 是 EBI 的Expression Profiler中的一个组件 (Expression Profiler 是一个工具集，用于聚类、分析和可视化显示基因表达和其它基因组数据 )，通过它，你可以搜索GO 术语和识别基因相关的节点，以及相应的子节点。
** Gene Class Expression [http://gdm.fmrp.usp.br/cgi-bin/gc/upload/upload.pl]
Gene Class Expression 允许使用 GO 数据库对 SAGE 数据进行功能注释。这个工具对每一个 SAGE 标签在 GO 数据库里进行搜索，对选定的 GO 类别和选定的等级进行关联。这个系统对于映射 SAGE 数据到 GO 结构上提供了用户友好的数据导肮和可视化。还对 SAGE 标签在每一个 GO 类别里的百分比提供了图形可视化以及置信区间和假设检验。
** GeneInfoViz [http://genenet2.utmem.edu/geneinfoviz]
GeneInfoViz 是一个基于 web 的工具，提供批量检索基因功能信息、可视化 GO 结构和构建基因相关网络。用户需要提供一个基因列表 ( 格式可为 LocusLink ID、UniGeneID、gene symbol、accession number)，结果返回功能基因组信息。基于对给定基因的GO 注释，GeneInfoViz允许用户以 GO 的DAG结构显示这些基因，以及在选定的 DAG 水平上构建基因相关网络。
** GeneOntology at RZPD [http://www.rzpd.de/cgi-bin/asearch/GO/go4rzpd.pl.cgi]
RZPD 提供了 GO 标识符和相关联的 UniGene ClusterIDs、Genes(Name/Symbol)、Clones 的检索，目前 GO 注释关联了人和小鼠的基因 / 克隆。
** GenNav [http://mor.nlm.nih.gov/perl/gennav.pl]
检索 GO 术语和注释的基因产物，提供在 GO DAG 图中可视化显示 GO 术语。
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** GOblet [http://goblet.molgen.mpg.de/]
GOblet 服务器考虑了 GO 术语，执行序列 (cDNA，蛋白) 分析。如相似性搜索 (BLAST), 在使用已有的 GO 注释构建的不同物种的数据库的前提下，服务器展示了所有匹配的细节描述以及基于匹配到的 GO 术语构建 GO 概要树(summary tree)
** GoFish [http://llama.med.harvard.edu/Software.html]
GoFish 是在线的 java 程序，也可以下载到本地运行。允许用户使用 GO 属性构建任意的布尔检索，对符合条件的基因产物进行排列，GoFish也对每一个基因产物估算其符合布尔查询的概率
** GONUTS [http://gowiki.tamu.edu/]
GONUTS 是基于 wiki 的GO术语和少量物种基因关联的浏览器，wiki接口允许用户创建和分享每一个 GO 术语用法的注解。
** MGI GO Browser [http://www.informatics.jax.org/searches/GO_form.shtml]
通过 MGI GO Browser 可以搜索 GO 术语和显示所有小鼠基因注释到每一个术语或子术语。也可以浏览本体来观察术语之间的关系、术语定义、对于给定的术语和它的子术语所注释的小鼠基因数量。MGI GO Browser直接访问 MGI 数据库中的 GO 数据 ( 每晚更新)。
** Ontology Lookup Service [http://www.ebi.ac.uk/ontology-lookup/]
OLS 整合了公开的可用生物医学本体到单一的数据库。所有修正的本体是每天更新的。一个当前加载的本体列表可以在线获得，这个数据库能够通过检索获得单一术语的信息或使用 AJAX 浏览完整的本体。自动补齐提供一个用户友好的搜索机制。一个基于 AJAX 的本体显示器可以有效地浏览完整的本体或其子集。一个可编程接口可以通用使用 SOAP 来检索网络服务。服务由一个 WSDL 描述器描述，此文件可在线获得。一个简单的 java 客户端使用 SOAP 来连接网络服务，可以从 SourceForge 上下载到。所有的 OLS 源代码是公开的，使用 Apache 许可证发布。OLS提供了一个用户友好的单一入口指向公开可获得的本体 (Open Biomedical Ontology 格式)。
** PANDORA [http://www.pandora.cs.huji.ac.il/]
使用 PANDORA 可以搜索蛋白的任何非一致集 (non-uniform sets) 和检测共享独特生物属性的蛋白子集，以及这些集合的交集。PANDORA支持 GO 注释和额外的关键字 ( 来自于 UniProt Knowledgebase, InterPro, ENZYME,SCOP 等等 )。PANDORA 被整合进 ProtoNet system，从而允许测试上以万计的自动产生的蛋白家庭。PANDORA 已经取代了由同一个团队开发的 ProtoGO 浏览器。
** QuickGO at EBI [http://www.ebi.ac.uk/ego/]
QuickGO 是一个 GO 浏览器，由 EBI 开发，是 InterPro 的一个组件，可以搜索 GO 术语来观察它的相关节点和定义，还可以映射到 SWISS-PROT 关键词、酶分类，转运分类数据库或者 InterPro 入口。GO数据每日更新。
** TAIR Keyword Browser [http://www.arabidopsis.org/servl … =new_search&type=keyword]
搜索和浏览 GO、TAIR 解剖 (Anatomy)、TAIR 发育阶段术语(developmental stage terms)，允许显示术语的细节及其相关的术语。包括基因、文献、芯片实验和相应术语的或子术语的注释之间的关联。
** Tk-GO
这个工具是对 BDGP 的GO::AppHandle库基本功能的一个 GUI 包装。GO术语在一个 explorer-like 浏览器里展示，程序可以通过修改 perl 脚本来配置。Tk-GO使用的 GO 数据库 ( 默认直接连接 BDGP 的数据库 ) 是用户可以修改的。
注释工具 : 使用 GO 对基因和基因产物注释的工具
** g rofiler [http://biit.cs.ut.ee/gprofiler]
g rofiler 是一个公用的 web 服务器，用于挖掘高通量基因组数据。g rofiler有一个简单、用户友好的网页接口，对于获取 GO、通路或转录结合因子在单个基因水平上的富集等具有强大的可视化功能。除了标准的多重检验校正(multiple testing corrections) 外，引进了一个对复杂结构 ( 如GO)进行多重检验的真实效果估算的改良方法。解释基因列表通过一个高效的算法由同一接口支持。其它实用的数据分析通过模块支持。整合进 g rofiler 的模块有：g:Convert转换不同数据库的 ID，g:Orth 找寻不同物种的直向同源基因 (orthologous genes)，g:Sorter 搜索绝大部分的公用基因表达数据找寻共表达的数据。g rofiler支持 31 个不同的物种，数据定期从数据源 ( 如Ensembl数据库 ) 更新。生物信息学社区希望 g rofiler 能支持简单的文本输出。
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** GeneTools [http://www.genetools.microarray.ntnu.no/common/intro.php]
GeneTools 收集了许多基于 web 的工具，从许多不同的资源里收集信息，提供可用的基因组分析，两个主要的工具连接到这一数据库是 NMC 注释数据库 V2.0 和eGOn V2.0。NMC注释数据库 V2.0 提供了来自于 UniGene、EntrezGene、SwissProt 和GO的信息。
** GOanna [http://agbase.msstate.edu/GOAnna.html]
使用相似性搜索来找寻蛋白的注释，输入可以是一系列的 ID 或是一系列 FASTA 格式的序列。如有需要 GOanna 会检索序列，并对用户指定的数据库进行 BLAST 搜索。结果包含 BLAST 搜索到的相似性高的序列的 GO 注释和序列比对的结果。
** GoAnnotator [http://xldb.fc.ul.pt/rebil/tools/goa/]
此工具对从文献里提取的蛋白 GO 术语注释进行验证。
** GOCat:Gene Ontology Categorizer? [http://eagl.unige.ch/GOCat/]
GOCat 是一个自动的文本分类器，此工具归类任意的输入文本 ( 几个词，一篇摘要，一系列的 PubMed 识别符等等 ) 到GO分类。这个系统目标在于通过文本挖掘方法方便对基因和基因产物进行功能注释。对于每一个的预测类别，提供一个置信打分和一段抽取于输入文本的简短文本。
** GoFigure [http://udgenome.ags.udel.edu/gofigure/]
对未知的检索序列通过 BLAST 来识别其同源的注释，以此来预测其 GO 注释。DNA或蛋白质序列都允许提交，多重的检索可以通过提交包含 FASTA 格式的文件来完成。检索到的结果通过 email 返回给用户，结果显示为图或者是 tab 分割的文件。结果可以通过 tar 打包文件下载。
** GoPubMed [http://gopubmed.org/]
GoPubMed 是一个网络服务器，允许用户结合 GO 探索 PubMed 搜索结果，GoPubMed提交用户的关键字到 PubMed，检索摘要，检测摘要中的GO 术语，显示与最初检索结果相关的 GO 子集，允许用户通过语义浏览和显示相应的文献和它们的 GO 注释。
** GOtcha [http://www.compbio.dundee.ac.uk/Software/GOtcha/gotcha.html]
GOtcha 提供了对于给定的检索序列相关 GO 术语的预测。每一个术语相对于引用搜索是分数独立 (scored independently) 和分数校准 (scores calibrated) 的，以便给出正确性的准确百分比可能性(to give an accurate percentage likelihood of correctness)。
** HT-GO-FAT:High Throughput Gene Ontology Functional Annotation Toolkit [http://liru.ars.usda.gov/ht-go-fat.htm]
HT-GO-FAT 允许高通量映射未知或其它基因序列如 ESTs、mRNA、蛋白数据到GO 注释、EC numbers、KEGG通路。它使用序列相似性和结构域匹配。此工具使用自定义的校正数据库以及拥有诸如窗口局域网分布式 BLAST(windows LAN distributed BLAST)，能够通过窗口局域网分布高通量的BLAST 搜索。HT-GO-FAT还拥有高通量的 BLAST 输出观察器，以及能对匹配度高或人工校正的数据导出为许多的文件格式。数据能导出为 AmiGO 相关的文件，通路图会高亮显示用户数据集中的酶 / 基因。
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** InGOt (商业软件) [http://www.inpharmatica.co.uk/ingot/]
InGOt是 Inpharmatica 的新模块系统中的一个模块。这个系统用于蛋白注释，是一个应用 GO 到所有蛋白的一个商业系统。它提供一个无与伦比的资源来阐释蛋白功能：它的图形用户界面让你轻松地从各个链接中跳转，从汇总数据到分层语境 (hierachical context) 和文献 / 证据 (literature/evidence)。InGOt 拥有比公开资源更为丰富的序列和最广泛的 GO 关联资源。InGOt可以和其它模块整合，如 Domain Professor 用于蛋白结构域的细节注释和 Blu-Chip 用于即时和准确的探测蛋白赋值(protein assignments)。
** InterProScan [http://www.ebi.ac.uk/InterProScan/]
蛋白结构域和功能位点数据库对于蛋白功能的预测是一个关键的资源。十年来，许多标识识别 (signature-recognition) 方法逐步形成来解决不同序列分析问题。产生不同和独立的数据库。由于强调不同的分析方法，这些资源有着各自不同的优点和缺点，各自有着不同的最优应用。从而，为了得到最好的结果，搜索策略必须完美地结合所有的资源。InterProScan是一个基于 Perl 的程序，它能够结合不同的蛋白标识识别方法到一个资源上。
** JAFA:Joint Assembly of Functional Annotations [http://jafa.burnham.org/]
JAFA 接收蛋白序列，提交它到数个功能预测程序，并将预测结果聚集到一个单一的、易读的、基于 GO 术语的文件，用户可以点击各个服务器、AmiGO和 QuickGO。JAFA 还提供包含所有结果的 XML 文件下载。
** Manatee [http://manatee.sourceforge.net/]
Manatee 是基于 web 的基因评估和基因组注释工具，Manatee能够存储和显示原核和真核基因组注释。Manatee界面允许生物学家快速识别基因以及对其进行高质量的功能赋值正文完
